Автотесты хрупки к изменениям в коде (любое изменение в UI может «сломать» тест)
Автоматизация проверяет только запрограммированные сценарии и не обнаружит дефекты вне их рамок
Поддержка большого набора автотестов требует времени и ресурсов – со временем больше усилий уходит на поддержку и анализ результатов, чем на создание новых тестов
Не всё можно автоматизировать: например, юзабилити, визуальные аспекты интерфейса, переводы или инсталляцию лучше проверять вручную
Начальные вложения в автоматизацию (инструменты, инфраструктура, разработка тестов) могут быть значительными, и выгода проявится только при длительном и мудром использовании автотестов